A fauna local também está no foco da gestão ambiental realizada pela Companhia a fim de promover sua conservação e assegurar o papel que exercem no equilíbrio dos biomas locais. Para tanto, programas específicos são desenvolvidos para cumprimento das condicionantes de licenciamento e para engajamento de colaboradores e comunidades no que se refere ao monitoramento e preservação das espécies. 

• Programa de Monitoramento da Fauna: envolvendo ações de conscientização junto aos colaboradores e às comunidades locais, são realizados o Monitoramento de Aves e Mamíferos, o Monitoramento de Atropelamento, o Resgate e Afugentamento da Fauna, o Monitoramento da Ictiofauna e o Monitoramento de Pragas e Vetores. 
• Monitoramento da Aves e Mamíferos: nas 21 campanhas realizadas na fase operacional da Usina, os dados levantados apontam uma riqueza de 236 espécies de aves e 33 de mamíferos. Desde a implantação, também foram registradas quatro espécies de felinos. 
• Atropelamento da Fauna: o Programa monitora, cataloga e reporta aos órgãos ambientais os atropelamentos de fauna que, em 2024 foram 136 no total. Atualmente, nas vias de acesso do empreendimento, existem 28 placas de sinalização de trânsito, sendo 21 de travessia de fauna e 3 de indicação de lombadas. Outra iniciativa importante para a redução dos atropelamentos é o “passa-fauna”, local construído para a passagem segura dos animais, evitando a travessia pelas ruas e rodovias.
• Monitoramento de Ictiofauna: realizado trimestralmente com amostras de comunidades de peixes do Rio Jaguarão, peixes anuais e berçários potencialmente importantes ao ictioplâncton (ovos e estados larvares dos peixes). No ano de 2024 não houve registro de resgate de ictiofauna na área monitorada.
• Monitoramento de Vetores: ação trimestral com coletas de entomofauna (fauna de insetos) em pontos antropizados no entorno da UTE Pampa Sul e no Reservatório. Em 2024 a fiscalização de controles de focos de vetores das áreas edificadas da UTE Pampa Sul ocorreu com periodicidade quinzenal.
• Resgate da Fauna: com ações de afugentamento, captura, avaliação física, e soltura de exemplares de fauna silvestre, busca criar condições que reduzam a mortalidade de animais nas áreas de influência do empreendimento. Para garantir a eficácia dessas ações, a usina conta com uma equipe de dois técnicos/biólogos dedicados em tempo integral ao, assegurando a proteção da biodiversidade local.